En Search Console puedes ver si tu sitio esta penalizado. Yo creo que no esta penalizado porque no veo que relegarte a 3 o 4 posición detrás de tus redes sociales sea una penalización en si misma. Si estuvieras penalizado habrías perdido muchos mas puestos o incluso estar desindexado...
Ahora eso si, no es normal que las redes sociales esten por encima de tu dominio. Suele suceder con dominios jóvenes, si es tu caso puede ser un motivo. a mi me ha sucedo con dominios nuevos pero luego mi dominio ha rankeado por encima con el tiempo.
Creo que es un tema de autoridad de tu sitio, quizas (y digo quizá poque no se como es tu dominio) deberias trabajarlo mas, conseguir algunos enlaces, cuidar tu enlazado interno y cuidar los titulos, los slugs, etc...haz una buena pagina home, no se., solo lanzo ideas por si te sirven porque al no conocer tu dominio pues es difícil.
Saludos