Vamos por partes, eliminar contenido siempre afectara a tu indexacion, pero no tiene porque afectar al posicionamiento siempre y cuando no estuvieras utilizando ese contenido para posicionarte con alguna tecnica seo, o que tus backlinks no apuntasen a ese contenido directamente.
Segundo tener informacion indexada que no es util para la web no es positivo, puesto que de nada sirve tener cientos de paginas indexadas y que no nos aporten algun beneficio, como dinero o trafico, o p osicionamiento.
Por tanto, debes de analizar que te aporta ese contenido y si no aporta nada, borrarlo. Modifica los sitemaps, si son automaticos no hace falta, para quitar todos los errores 404 que te van a salir.