A mi también me sucede en uno de mis themes, hasta ahora no pude solucionarlo. Estará mal el 404.php, Alguna idea?
En los otros temas tambien tenes instalado clouflare?
Si todas mis webs tengo instalado cloudflare, pero solo me pasa el problema con el 404 personalizado en una, las demas los muestra normalmente.
Esto sucede cuando tienen habilitado SmartErrors en CloudFlare.
En el panel de CloudFlare, click en "Apps" al lado del dominio, buscar "SmartErrors" y ponganlo en OFF.
En las ultimas activaciones de dominios esa App se pone en ON por defecto. Antes no era asi...
Saludos