Te recomiendo una solución sencilla y que te permitira mantener el codigo PHP más limpio.
Si te entendi bien lo que quieres hacer es crear una tabla estilo zebra, una fila de un color y la siguiente de otro, esto facilita claramente la lectura de la tabla. Desde PHP hay varias formas de hacerlo, una muy valida es la que te propuso Roodaka. Yo hace tiempo tambien la hacia asi, pero luego decidi utilizar jQuery para hacerlo.
Para lograrlo con jQuery deberias escribir algo asi:
Insertar CODE, HTML o PHP:
function() {
$("table tr:nth-child(even)").addClass("zebra");
});
Luego en tus hojas de estilo agregas el .zebra, esto va a hacer que todas las filas impares se coloreen.
Y tu código PHP se mantiene más ordenado.
Es otra forma de hacerlo.