Aunque mucho de los consejos q te dan, son reales y estan bien, Yo miraria las zapatillas con las que corres y si necesitas plantillas o no...
yo tambien tenia dolores de rodilla ( de la cintilla iliotibial ) y cuando cambie de zapatillas, se me fueron los dolores....
ve a una tienda especializada en atletismo (pero una de verdad, no a una tienda generica o te venderan cualquier cosa) y dile al vendendor ( q por lo general, ellos tambien son corredores) cuanto pesas, cual es tu objetivo, q distancia sueles correr y a partir de ahi, el te ofrecera distintos modelos y opciones.... creo que seria el paso mas inteligente a hacer.
El tema plantillas tambien es importante, ya que posiblemente estas girando mucho el pie y por eso se te cargan las rodillas, tampoco lo descartaria...
q tengas suerte y encuentres tu problema!!