Depende de si tú te vas a encargar de la identidad visual o si el webmaster también ofrece el servicio de diseño lo mismo te interesa hacerlo todo en un conjunto. Idealmente lo suyo es que encuentres una paleta de colores que haga combinar el diseño de la web, el logo, las redes sociales, etc... El logo en realidad puedes hacerlo cuando quieras, y los colores del logo pueden cambiar a voluntad. Así que sinceramente, si lo vas a hacer por separado, da exactamente igual, el webmaster te pondrá un logo de relleno y luego tu ya con eso lo tienes en cuenta. Aparte, cuando crees el logo planteate hacer variaciones. Por ejemplo, logo rectangular, logo cuadrado, etc... (generalmente de esto depende el posicionamiento de las letras). Lo dicho: prácticamente irrelevante.