Depende de lo que haga el shortcode, pero los shortcode simplemente son funciones que por lo general llaman a una estructura html asi que no deberia afectar al seo, al menos que este muy mal construido
Gracias por el comentario. ME refiero si no afecta poner el mismo short code en varias paginas diferentes con titulos similares enfocado a la misma palabra clave con cola larga y cola corta