1. Son muchas cosas las que podrían afectar (ya que no conozco las webs) pero por ahí los links entrantes que tengan cada uno (a lo mejor tu no has comprado backlinks, pero una persona te puso en tu blogroll o alguien te anda recomendando por las redes sociales), también puede ser la plantilla que uses, una este mejor optimizada de cara al SEO que la otra, o una carga más rápido que la otra, etc. Como dice Toledano son muchos factores como asi de brote pronto decirte porque una posiciona más rápido que la otra.
2. Ayudan mucho, pero tienen que ver mucho con como los usas, no te lo voy a explicar a detalle porque esta algo largo, pero en mi post de backlinks he puesto alguna que otra información de como usarlos para su mayor efectividad y realmente nadie le ha hecho mucho caso... :dontknow:
3. Poco importante, con lo de la keywords así sin contenido a su alrededor tampoco hay que exagerarlo...
4. Footer: Nada, Header: termino medio. Hay que tener claro que lo importante es el contenido y keywords rodeadas de buen contenido siempre tendrán más peso que las keyowords 'sueltas'...
5. Mucho, los enlaces internos son DEMASIADO importantes.