Te recomiendo hacer la clasica para reconocer si es un problema de plugins, desactivas por un momento todos los plugins, y ahi probar editando el htaccess para ver si te los modifican, ahi estarias eliminando una incognita del problema, si se sigue modificando, yo empezaria a ver por la parte del proveedor del hosting, quizas tenga alguna medida de seguridad..
Hay otra cosa que deberias saber con los .htaccess, Apache ejecuta el .htaccess mas especifico en el momento, es decir, si entras a /root/pagina/, apache primero busca en /root/pagina/.htaccess , si no existe aqui, utiliza /root/.htaccess, entonces puede que estes modificando un .htaccess en /root/ pero que tengas otro htaccess dentro de los archivos de tu pagina que no hayas modificado, y apache lo esta ejecutando..
Saludo !