Lo que yo hago es proteger las partes que no quiero que se lleven con ajax y obviamente en el lado del ajax, bloqueo todas las peticiones que no sean hechas con ajax.
Hasta ahora me ha servido bien y la gente que me copia ya solo es la que lo hace manualmente.
Puedes probar a ofuscar el código. Nunca lo he hecho con HTML pero hay algunos servicios como http://myobfuscate.com/ que lo hacen. Seguirán teniendo acceso al código pero al menos bastante "incómodo" de modificar. No sé si afectará a los tiempos de carga de la página, pero es algo que tendrás que valorar.