Pues es un poco complicado, depende de muchas cosas, los módulos que tengas actiavos, el comando varía según el sistema operativo que tengas, hay que saber si tienes ligthhttpd activado, hay que optimizar el httpd.conf o el apache2.conf según tus webs, scripts, consultas a las bases de datos, cada servidor es un mundo.
Y eso mucha gente no se da cuenta por ejemplo hostgator y todos los shared y todos los vps y dedicated "Managed" realmente vienen "preconfigurados" y claro cuando tienes ya unas visitillas se nota que el server no tira ni pedos, lógico, pero venden que son "full managed" y eso es mentira, todo servidor requiere que se modifiquen los parametros de configuración según su uso yo lo sufrí en su día.
Es aconsejable siempre desactivar módulos que no se estñen utilizando de apache, pero depende, tambien saber si tienes cacheadores de php, pero sobre todo hacer un cálculo mediante los procesos de apache y la memoria consumida para saber como configurar el resto, va todo ligado, el php.ini el httpd.conf y mysql, tiene que estar todo compenetrado si no nunca obtendrás un buen rendimiento. y entonces decidir cuantos timeouts, cuantos child, di dejar keealive on u off, etc etc etc.
Es dificil ayudarte si saber que hay en el server sus caracteristicas del server, tanto hardware como software, pero realmente si verlo in situ es dar palos de ciego, no hay un patrón, como te dije cada uno es un mundo..
Lo mejor es que busques un sistem admin o alguien de tu confianza que tenga conocimientos, y ten cuidado con lo que te tocas, antes de manipular hazte un backup de mysql y web, sistema siempre puedes formatear y reinstalar fácilmente.
Para hacerte un full Dump de Mysql con este comando en SSH:
mysqldump -uroot -p --all-databases > /var/tmp/mysqldump.`date +%Y%m%d`.sql
Por si las moscas, pero necesitas saber el pass del root de mysql
Un saludo y suerte.