y- Por que no utilizar una pasarela de pago en tu sitio? al momento de hacer la transferencia POR SPEI viene una opción para insertar una referencia, Puedes generar la factura en tu portal, y que al ingresar el pago ingresen dicha referencia para poder identificar el pago.
- Mercadopago es otra opción, Paypal es otra opción, no se cual sería la dificultad de identificar un pago o por que necesitas a fuerza generar una factura única para identificar un pago se podría hacer de manera manual.
- Mercadopago es bastante conocido en México, además que puedes trabajar en una App si así lo deseas para automatizar, yo la verdad depende a que te dediques no te lo recomiendo, te levantan disputas por nada.