Saludos, lo ideal y conveniente seria utilizar ambas, como todo en la vida, las dos tienen ventajas y desventajas, pero finalmente, ambas son validas y muy factibles para una tienda online, el tema es que indudablemente paypal es mas conocido y utilizado a escala mundial, quizás por tener también mucho tiempo en la web, stripe de momento con muchos menos años en el ambiente de los negocios online, no tiene tanto reconocimiento, pero si es una buena opción, también hay que decir que para implementar stripe en una tienda online los requisitos son mayores que paypal; al momento actual stripe tiene un ámbito de uso mas amplio en USA y por tanto los requisitos no son tan fáciles como paypal para crear una cuenta o pasarela de pagos.