Mudar directorio dominio principal para organización eficiente

Hola, queria preguntarles como puedo si es que se puede cambiar de directorio mi dominio principal para que me quede todo mas organizado, ya que lo tengo en la raiz de public_html, y en esa carpeta tengo una perteneciente a otro dominio que funciona ok, pero cuando creo una para el dominio principal y pongo ahi sus archivos, despues al intentar entrar desde la barra de direcciones del navegador me manda al indice de mi dominio donde figuran mis dos sitio, espero se entienda mi pregunta y desde ya muchas gracias, saludos:encouragement:

Amigo, primero deberías conocer lo básico de permisos unix porque si no tendrás muchos dolores de cabezas empezando por errores tipos de permisos.

Recuerda que debes crear también las directrices en tu web server.