Hola compañero, el popup es una ventana que se ejecuta encima de la web en cuestion y el pop under se supone se ejecuta debajo de la web o sea la ventana que queda activa o visible es la web y el pop under queda abierto pero no visible hasta que el usuario da click en esa ventana.
Aunque ya Google Crome y Firefox y los demas browsers estan capando o desabilitando esa funcion de javascript para que ya no se ejecute abajo de la ventana y al final de cuentas en la mayoria de las ocaciones el pop under se termina comportando como un popup por que ya no es permitido.