Pues hay 2 opciones:
1. Hacer la build fijándola a un commit en lugar de a un branch.
2. Tienes un branch distinto.
Es muy normal siempre trabajar en branch distintos incluso cuando desarrollas solo. Por ej. yo hace poco saqué el Multipaste 3.0, pero durante todo el desarrollo de eso, estuve en otro branch y recién al lanzar la versión 3.0 ese branch se pasó a master.
Por otro lado, muchas veces tengo clientes que quieren modificaciones específicas para ellos en los códigos que hago, pero como luego cuando hayan actualizaciones igual querrán esos cambios otra vez junto con las actualizaciones. Lo que hago es poner su versión modificada en un branch y lo dejo ahí, luego cuando haya updates y el cliente me pida que le de las actualizaciones, pero con sus cambios, se hace un upstream update a ese branch.
kj