A veces el usuario no tiene los permisos para actualizar, yo he tenido mucho esos problemas en las últimas versiones y tengo que cambiar la configuración de php para poder actualizar sin problemas.
Al igual que Carlos, me he pasado a suphp para así ya no tener problemas para actualizar 🙂, y consumo menos Ram de paso jeje
Podrías pasarte para actualizar y luego volver a dso.
A veces el usuario no tiene los permisos para actualizar, yo he tenido mucho esos problemas en las últimas versiones y tengo que cambiar la configuración de php para poder actualizar sin problemas.