Pues entonces no debería haber ningún problema... "en teoría". Yo lo que haría es borrar el producto (sí, lo sé, son muchas variaciones y es trabajo, pero no veo otra forma) y volver a hacerlo creando atributos y variaciones de forma secuencial. Es decir, aplicarle primero dos atributos solamente y crear las variaciones correspondientes, comprobar que todo funciona correctamente, añadir un tercer atributo y sus variaciones, comprobar que todo funciona...
Así hasta comprobar que todo funciona o bien hasta ver en qué momento se comienza a producir el error, y a partir de ahí aislarlo, porque no es un comportamiento habitual.
Siento no poder ayudarte más, pero creo que si lo haces así podrás dar con la tecla.