Lo que yo no entiendo es si antes si se podía y ahora ya no se puede. Pero tal vez se trate de un servidor nuevo.
En todo caso usar SSH para conectase al servidor es parte de "las buenas prácticas" que todos deberíamos seguir al usar Internet. Como medida de seguridad adicional, sería muy bueno cambiarle el puerto a SSH. Eso haría las cosas todavía mas seguras.
Yo por ejemplo, lo primero que hago es cambiar el puerto del servicio SSH, crearme un usuario normal y deshabilitar la entrada con el usuario root.
Por cierto, el puerto 22 no es una alternativa a FTP. La transferencia no se hace con el protocolo FTP sino con uno que se llama SCP que es mucho mejor.
Mi recomendación es que te quedes como estás, en inglés dicen: it's not a bug, it's a feature. O sea: no es un error, es una característica.