A mi me pasó algo similar sin hacer nada y estuve a punto de cambiar de plugin. Al final me recomendaron revisar y verificar estas dos opciones están habilitadas (tanto para el sitio, como para el usuario):
1a.- Administración> SEO> General > Características: Mirar que todo esté activado
2a.- Admin> Usuarios> Tu perfil: Al final hay los Ajustes del Yoast SEO, que no esté puesto el check
La segunda opción, en mi caso particular, las tenía seleccionadas sin haberlas tocadas para nada (me volví loco), y además me pasó en cuatro dominios que estaban en un mismo servidor.
Si esto no funciona, es que algo está en conflicto, sea un plugin o un tema. Mirar de ir desactivando plugins para ver si es uno de ellos y con el tema cambiarlo con uno de los que vienen por defecto para ir descartando.