Revisa logs, un servidor tiene que estar en linea las 24 horas, los reinicios cada 4 horas no son aceptables, y menos cuando se trata de hospedar sitios web.
En cuanto a experiencia, PHP 5.4 es más rápido y consume menos recursos que PHP 5.3.
Toma una captura de top, no creo que este en un 100% cuando ningun proceso lo utiliza. Podría ser algun bottleneck o problema de io.
Revisa el iowait mientras el uso del CPU es 100%.
vmstat 1
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procs -----------memory---------- ---swap-- -----io---- -system-- ----cpu----
r b swpd free buff cache si so bi bo in cs us sy id wa
0 0 32768 15124 0 180612 0 0 1 2 0 0 1 0 99 0
0 0 32768 15116 0 180612 0 0 0 0 0 320 0 0 99 0
0 0 32768 15116 0 180612 0 0 0 0 0 310 0 0 100 0
0 0 32768 15048 0 180672 0 0 24 0 0 322 0 0 99 1
Umm lo de las sesiones no es mucho problema, aunque es muy raro que se generen tantísimas sesiones como para causar problemas a la hora de limpiarlas, calculo que tu problema es que el disco duro es muy lento y por eso colapsa.
Intenta hacer el cron una vez al día o bien elimina el cron y limpia las sesiones con tmpwach que es más sencillo y puedes hacerlo cada hora o una vez al día o cada más tiempo, no veo problema en dejar las sesiones ahí guardadas, algunos ni las borran :/
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