Sinceramente dudo que no pille keywords por eso, de todas formas no he utilizado ese plugin nunca y parece que es de pago así que no le puedo echar un vistazo.
Por lo que vi en tu web parece que pilla el ISOCODE de los ajustes de wordpress y claro si pones portugués pilla por defecto portugués de portugal pt-PT y si pones brasileño pondrá pt-BR y tendrás el mismo problema de todas formas...
Al ser el plugin de pago yo enviaría un ticket a su soporte y le preguntaría como poner únicamente PT, cosa que debería poderse, ya que si quieres hacer una web en portugués sin orientarte a ningún otro país es como debe hacerse... Quizás a la hora de añadir el idioma en el plugin pudiste cambiarlo, fíjate editando el idioma portugués si hay alguna opción para cambiar pt-PT por pt.
De todas formas, como digo dudo que el problema que tengas sea ese, aunque yo lo arreglaría ya que es lo correcto... Pero tengo y he tenido webs en varios idiomas y por experiencia en portugués me resultó más difícil obtener visitas por la competencia, no sé en tu temática, en la mía había mucha y me costó bastante más que en otros idiomas como alemán, francés o italiano.