¿Porqué desactivas categorías y tags?
Lo de archivos está claro, no aporta nada. ¿Pero categorías y tags?
Podrías hacerlo y te asegurarás que no tienes contenido duplicado, pero desde mi punto de vista desindexar ambas cosas es una posición muy defensiva.
Debes comprender la diferencia entre Taxonomía y folksonomía.
Si tageas y categorizas bien, puedes sacarle mucho partido. Mi recomendación es que antes de ponerte a escribir contenido te plantees en un papel que son tags y que categorías, para cada web.