Puede que hayas cambiados las rutas de los vhost, puede que hayas borrado el dominio y lo hayas vuelto a crear, la verdad puede ser cualquier cosa, en ispconfig en configuración del servidor, vienen las rutas para los vhost, el var/www etc, puede que hayas tocado por ahí y por eso te muestra otras rutas.
Entra por FTP y mira si están los archivos de las webs, igual solo fue que se a regenerado el index.html y por eso lo vez, si fuera así sería solo borrarlo y si no tendrías mucho trabajo para ver que paso.
Ispconfig es muy sencillo, es de mis paneles favoritos, pero si cambias las rutas sin saber pueden pasar estas cosas ya que es lo más complicado que tiene el panel, ya que se tienen que cambiar por igual en todos los lugares.