Los hay, son bastante caros y la mayoría no se compran, te cobran una mensualidad. Pero no veo donde está el problema. Yo tengo una tienda física y otra online, y soy autónomo, y no las tengo separadas. Cada trimestre le entrego a mi gestoría las facturas de una y otra, y sin problemas, puedes hacer diferentes facturaciones de cara de Hacienda. Una facturación de la física, y otra de la online. Eso sí, todo clarito y sin trampas. Ahora bien, si tus clientes quieren la pijada de que la facturación sea única y con una sóla numeración, pues que se gasten el dinero. Aunque puede que lo quieran así por el inventario, ahí me callo, sobretodo si tienes miles de productos. En mi caso tengo miles, y no gestiono el inventario de la tienda online, porque envío los productos directos desde fábrica. En la física sí, porque si lo ofreces y viene un cliente y no lo tienes, venta perdida, no espera a que lo traigas, lo quiere ya.