Eso depende de como quieras hacer el video. Si lo quieres hacer tipo karaoke entonces AegiSub es suficiente en la mayoria de los casos.
Ahora, si lo que quieres es que cada palabra de la letra tenga una animacion independiente y vaya al ritmo del video, entonces toca usar After Effect, pero dejame decirte algo. Este proceso es ALTAMENTE TEDIOSO, yo lo hice para un video de 1:10 minutos y me llevó como 3 dias para modificar cada letra. Claro, tambien es porque solo soy un amateur en after effects.