En tu caso, mi procedimiento sería claro:
- Instalo Wordpress limpio (en otra ruta distinta a la del infectado, aunque sea mismo hosting)
- Instalo los plugins y reconfiguro.
- Miro cada entrada en el infectado en busca de código potencialmente peligroso y elimino.
- Importo las entradas desde el antiguo al nuevo.
- Miro cada archivo de la plantilla en busca de código malicioso, y elimino.
- Instalo nuevamente la plantilla.
- Instalo plugins como los que te han recomendado. ¡CUIDADO! Algunos plugins de seguridad provocan conflictos entre sí, no instales a lo loco, y sobre todo, sigue muy bien los pasos de configuración ya que una mala configuración en esto, puede ser peor peligro que no instalarle nada.
- CONSEJO: Cuánto menos plugin en general mejor. Si usas una plantilla de Internet, JAMÁS uses una comercial que hayan "pirateado", pues el riesgo de malware es muy elevado. Igualmente para plugins, etc.
Esto es lo que haría si no quieres borrar absolutamente todo y reconstruir de 0. Francamente, con la de cosas que tiene una BBDD de Wordpress, yo si tengo constancia de una infección, antes haría esto que ir tabla por tabla... Además que también podrían haberte colocado algún fichero en cualquiera de los subdirectorios que tiene la instalación Wordpress, y salvo que tu hosting tenga un antimalware en condiciones que pueda analizar eso bien... Está complicado.
Saludos.