@xcodex si tu plataforma está hecha en php lo que puedes hacer es crear un archivo que se llame API.php y en él crea las funciones necesarias para poder controlar tu sistema desde la app. Te doy un ejemplo de URL's dentro de la api para petición de servicios:
Y así sucesivamente...
Si tienes muchas funciones puedes crear una carpeta API y dentro los controladores de cada cosa: Usuarios, Posts, Uploads, Buscador, etc etc
En las funciones que vayas a crear haz todo el procedimiento que harías como si lo trabajaras con PHP pero devuelve los datos en JSON. Entonces en tu aplicación cuando hagas llamadas con javascript a tu API, te devolverá los datos en un formato que con javascript los puedas manipular fácilmente.
Si vas a utilizar este método procura antes de hacer las peticiones a la API desde la APP crear un token en la configuración de tu api, o cuando hagas una petición POST que la función admita dos valores. Por ejemplo:
api/getUser/
767123dfqw12e/
23
Donde
api/getUser es la URL de la API a la función que solicitas los datos.
767123dfqw12e es el token que previamente configuraste en tu APP y en el constructor de tu API
Y
23 es el ID del usuario que quieres obtener.
Esto es más que nada por seguridad, para que solo tú puedas acceder a los datos que proporciona la API.
Entonces cuando hagas las consultas, en cada función preguntas si el token recibido por POST es igual al que está configurado, de ser cierto te devuelve los datos, sino null.