Es un dilema interesante. Y de las dos formas puede ir bien. Hay cientos de empresas que empiezan siendo de una cosa, y acaban siendo de cien a la vez. Pero yo utilizaría el mismo porque el público interesado es el mismo. Y más si es una tienda que venda blusas, puedes duplicar el carrito agregándole las faldas.
Ahora bien, si no es una tienda online, y quieres posicionar artículos de contenido pues bueno, puedes empezar un proyecto desde cero y crear un nicho específico, aunque tardará más en posicionar, porque este ya tiene fuerza, aunque le puedes meter la fuerza por enlaces de el otro también. Es decir, dentro de los artículos meter palabras claves que lleven a la otra web.
Creo que las dos formas son válidas, pero yo lo haría todo en la misma.