WooCommerce se está volviendo muy conocido porque es muy sencillo de utilizar y puedes conseguir resultados decentes con poco tiempo/dinero. Sin embargo depende mucho del negocio que quieras crear. No olvides que woocommerce es un plugin de wordpress, (un "extra" que añade la función de ecommerce a un blog), mientras que PrestaShop es una plataforma únicamente de ecommerce. En PS encontrarás opciones mucho más avanzadas, que junto a sus módulos puedes conseguir adaptar la tienda a casi todo.
En cuanto a seguridad, PrestaShop sin dudas. Todos sus módulos son verificados por el equipo de prestashop, y el sistema de base es seguro. Mientras que en wordpress los plugins no los revisa nadie (es común que hayan fallos de seguridad en algunos plugins), y si te entran por un plugin ya tienen acceso a la web entera.
Yo he usado ambos durante bastante tiempo y para proyectos serios me quedo con prestashop. Para negocios de afiliación o que están empezando puedes usar un woocommerce sin problemas (incluso para proyectos más grandes, pero con ojo con lo que instalas).
Espero que nadie se ofenda, es solo mi opinión y mi experiencia
. Saludos.