Dependen muchos factores como ya lo han dicho, puede ser temática, país, etc., sin embargo, con una buena colocación de anuncios en un sitio te servirá para obtener el mejor CTR posible.
Mis consejos:
1. Que los anuncios encajen en espacios como si hubiesen sido diseñados para ahí colocarlos, es decir, sin muchos espacios vacíos a los lados y siempre centrados lo mejor posible.
2. Utilizar anuncios texto/imagen en los que los de texto mantengan una misma relación de colores con los colores del blog, por ejemplo, el texto de los títulos en los anuncios que sea del mismo color que el de los títulos de las entradas, fondo del mismo color que el del blog, URL mimo color de las URL blog, borde de anuncios igual, etc. (Para esto se puede usar photoshop o el programa de su preferencia).
3. Colocar anuncios dentro de las entradas, acostumbro a usar anuncios de texto antes de la entrada e imagen después. (No comenzar las entradas con imágenes en este caso), comenzarlas con texto y luego de unos párrafos agregan su imagen.
4. Usar temas de colores claros, el CTR de un tema obscuro no va a ser nunca tan alto como el de colores claros y alegres a la vista.
5. Utilizar temas móviles, tengo un anuncio móvil que es mi más preciado "tesoro", con un CTR que normalmente pasa el 2% y un RPM entre 4 y 5 USD (Obviamente es un sitio de temática móviles), la temática que manejo en estos blogs no son muy bien pagadas, el CTR es bajo visitando vía web, sin embargo gracias a la cantidad que visitas que tienen y a las mejoras que he realizado las ganancias han aumentado considerablemente.
Eso es lo que yo consideraría trabajar para obtener el mejor CTR que puedan, saludos!!!