Lo que no perderás es el contenido, todo lo demás depende de los themes. Incluso puedes ver cambios, con el tiempo, en el posicionamiento ya que cada tema tendrá su estructura, etiquetas y otras cosas con una implementación diferente.
Igual puedes probar a cambiarlo para ver como queda y si no te gusta y si no has modificado nada (como por ejemplo los widgets) vuelves a elegir el que tenias y todo vuelve a estar como estaba.
Y nunca está de mas repetirlo, antes de tocar nada hacer copias de toda la web, por lo general lo puedes hacer desde el panel del servidor.