es cuestión de desarrollar una api que lo permita teniendo en cuenta también que esto es algo como una especie de terminal o pos que tienes que consultárselo a tu banco, esto solo es posible de manera muy limitada en algunos bancos de algunos países aunque donde mas abundan estos tipos de programaciones es acá en Estados Unidos. De ser permitido y posible con tu banco lo primero que te digo es que debes contar con dinero, con una empresa legal seguramente y con personas con experiencia en lo que están haciendo.
en WHMCS lo que si se puede es recibir pagos con PayPal, Skrill, Payza, 2Checkout entre otros... por PayPal si en tu país disponen de esa opción puedes transferir el dinero a tu cuenta bancaria una vez tengas dichos pagos en tu cuenta cosa que puede costar mas que unos dolares de impuesto, si lo que buscas es que te hagan pago con cuenta bancaria y no precisamente tarjeta o saldo virtual como bien comente en la linea inicial ya sabes lo que debes de hacer, existen empresas que ya tienen api desarrollada, que se dedican a esto solo es cuestión de buscarlas.
si precisas recibir pagos con tarjeta omitiendo el uso de PayPal, Skrill, Payza entre otros tu mejor opción es 2Checkout que una vez que reúnes 300 usd te los transfieren a tu PayPal o cuenta bancaria, digo 300 usd por que es lo mínimo que debes tener en fondos para poder retirar ese dinero así como Google Adsense. Si necesitas ayuda para configurar WHMCS puedes enviarme un mensaje privado, conozco de arriba a abajo el sistema de facturación ya que lo he usado por años.