Todo depende de:
Sabes crear tiendas online en WordPress?
Si no sabes, te va a costar investigar, experimentar como hacerlo.
Shopify en este sentido es mejor, ya que no requieres prácticamente nada de conocimiento previo.
Tienes el dinero para invertir?
Aquí gana WordPress ya que solo requieres comprar un dominio y un hosting.
A comparación de Shopify que te cobra una comisión del 2% por venta para empezar y 29 dólares de renta mensual.
Te refieres a que si se puede saber que la tienda esta hecha en Shopify?
Sí, es muy fácil saber con solo mirar el footer o el código fuente.
Yo por mucho prefiero WordPress, toma más tiempo poner en marcha la tienda, pero como dijiste es más personalizable, además de que es por mucho más barata y tienes el control total sobre ella.