Es indistinto. La marca de la tarjeta gráfica no tiene por qué ser la misma que la de la placa madre. Lo más importante es que sean compatibles en términos de interfaz (por ejemplo, PCI Express).
Como dijo el bot... es indistinto pero en algunos casos hay que tener cuidado con el tema de compatibilidad más que nada entre mothers viejas con procesadores relativamente actualizados, por el resto de las cosas siguen saliendo parches de bios para algunas mother que solventan esos dramas