Pues cuando lo que se quiere es facilitar el trabajo lo mejor es Woocommerce, y el Plugin Woozon que se mantiene muy actualizado, incluso creo que tiene una opcion para que redireccione al visitante de tu web al Amazon que le corresponda (USA, UK, SPAIN, MX) en tal caso hay otros plugins que lo hacen, pero claro tienes que haberte dado de alta en Amazon en cada pais para tener los codigos de activacion.
En cuanto al SEO por pais si que se puede, no soy un experto en la materia pero supongo que tendras que posicionar keywords como, OFERTAS ZAPATOS DEPORTIVOS MEXICO, por ejemplo.
Si alguien de otro pais entra a tu tienda y compra pues ya tendra que acordar con Amazon la entrega, recuerda que al ser una tienda de afiliado la pasarela la gestiona Amazon y tu solo muestras el producto, a menos que quieras hacerlo como una tienda DropShipping ( tu cobras y compras el producto y tu mismo lo envias).
Si en algo me equivoque por favor corrijanme.