No hay problema de que metas todas las webs dentro del public, pero si te recomiendo que no lo hagas, te doy un ejemplo, yo tengo mi web en joomla, y cada vez que realice un Back va a bajar todo lo q este dentro de la carpeta Public. Entonces vas a tener un Back de todo, pero tarda eternidad, a comparación de que si tienes una web en diferentes directorios vas a poder hacer copias de seguridad y llevar un registro mas preciso de lo q tienes en cada directorio (eliminar contenido, modificar,etc) también te lo digo por si te equivocas, en caso de tener dos carpetas similares y eliminas la de una web q no tenia q ser eliminada.
Conclusión, organiza los dominios en diferentes directorios va a ser mas fácil de administrar