Yo opino que depende mucho de a que vas enfocado, Productos virutales, Libros, etc. Recomiendo WooCommerce por su simplicidad y evita meterse en problemas.
y Para Electrónicos, Celulares, accesorios, etc. sería bien prestashop, Yo ahora mismo estoy montando una en WooCommerce, se me hace bastante simple el diseño y fácil de cuidar.