Si es un dominio nuevo solo tienes que esperar, lo ideal es que no mandes el contenido de golpe, si tienes 200 urls, intenta programar para que se vayan publicando semanalmente en lotes, Google aplica una especie de "sandbox" a cualquier dominio nuevo, además por ser un sitio nuevo el presupuesto de indexación asignado a tu sitio es bajo y el algoritmo puede considerarlo un sitio "spam" si envías demasiadas urls de golpe.
Programa las urls como ya te he dicho, que abarque entre 1 a 2 meses la programación y vas monitoreando.
Si te preguntas por que un dominio se indexa al 60% y el otro no, es incognito, es casi imposible determinar como esta evaluando el dominio Google, pero la estrategia que te he planteado es la mas funcional