Depende, si tu tienda no tiene que ser muy grande, en cuanto a productos, funcionalidades, y demas usa woocommerce. (El único problema que veo del WP es la seguridad, es mucho más propenso al hackeo)
Si tu tienda tiene muchos productos y/o tienes requerimientos más avanzados en cuanto funcionalidades, pásate a Prestashop, este tiene muchas más opciones de crecimiento que no woocommerce.