No es solo cuestión de precio es que .com tiene un montón de limitaciones con lo cual si quieres personalizar o usar un tema determinado, pues a pagar más y más hasta el infinito. Digamos que la diferencia está entre lo público y lo privado. Siempre será más barato lo público. Pero es que además vas a poder tener acceso a un código abierto, con lo cual puedes adaptar el tema y los plugins a tus necesidades.
Si vas a aprender desde cero, mejor hazlo en .org porque aunque al comienzo sea algo más complicado, a la larga resulta mucho más eficaz para aprender realmente a desarrollar una web y escalarla como quieras.
La diferencia principal es que .com proporciona el hosting y con .org el hosting lo contratas tú por tu cuenta. Ahora bien, puedes contratar un hosting con multidominio, es decir, que puedas alojar un número indeterminado de sitios web y pagar, tal vez, 50 o 60 usd al año, pero para un montón de sitios siempre que no ocupen más espacio del que tienes contratado o no superen ciertas limitaciones de tráfico, etc. Con .com, sin embargo, tendrás que pagar por cada web mensualmente una cantidad similar a la que pagarías en un hosting con instalación de .org para 10 o 20 web, por poner un ejemplo.
Eso sí, contrata un buen hosting con un buen cPanel para que tengas acceso a todos los archivos. Así no solo podrás hacer casi lo que te dé la gana con tus web (trasladarlas, clonarlas, personalizarlas, etc.) sino que además aprenderás un montón sobre desarrollo web.
