El archivo .htaccess es un archivo oculto, muchos gestores de FTP no los muestran y algunos no son capaces de trabajar con ellos... en algunos editors de FTP hay que activar la opción de mostrar archivos ocultos.
Para regenerarlo se reactivan los links permanentes a como los teníamos en un principio (para evitar los errores 404 como ya se comentó antes), y le damos clic en el botón guardar. Excelente truco que aprendí en Forobeta y me ha salvado de más de un problema más de una vez...