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Comparación de los efectos inhibitorios de UNK4 y CNP
Explorar la similitud entre UNK4 y CNP en la inhibición de sus receptores (el complejo de ADN y ADN polimerasa η (Polη)), los patrones del cambio en el valor de la desviación cuadrática media (RMSD) de la polimerasa η durante 70 ns de las simulaciones MD se compararon para estos dos fármacos diseñados (UNK4) y principales (CNP). Todos los cálculos de los valores RMSD de ADN y proteína se realizaron con la ayuda del paquete GROMACS 5.2. La Figura 7 a, b indica los patrones de valores RMSD para la columna vertebral de la polimerasa η en presencia de CNP y UNK4, respectivamente, durante 70 ns de simulación. De acuerdo con la Fig. 7a , los cambios significativos en los valores RMSD de la polimerasa η se pueden observar en los primeros 15 ns de la simulación MD. Como puede verse en la Fig. 7a, los valores de RMSD para el esqueleto de la polimerasa η en presencia de CNP se han logrado a 0,59 nm con respecto a las estructuras de referencia (PDB ID: 6D0Z);
sin embargo, después de 20 ns de simulación MD, la columna vertebral de la polimerasa η fluctuó en el rango de 0,6 a 0,7 nm.