Você pode colocar no header.php, cria uma pasta chamada javascript na do seu theme, por dar um exemplo, e depois colocaria seus scripts assim:
<head>
<script type="text/javascript" src="<?php bloginfo('stylesheet_directory'); ?>/javascript/tuscript.js"></script>
</head>
Importante fazer isso entre as tags <head> e </head>, embora se o que você quer é colocar jquery, que é o mais comum, você pode chamá-lo apenas sem hospedar nada no seu host, já que o jquery já vem integrado no WordPress, você o chama assim:
<?php wp_enqueue_script ("jquery") ; ?>
Embora ultimamente o recomendado seja colocá-lo perto do footer, a maneira mais comum de fazer isso é no header.