É ruim linkar a palavra-chave?

Por ejemplo en una entrada con la palabra clave "Las mejores pinturas" si se enlazara "Las mejores pinturas de Goya" repercutiría negativamente en el posicionamiento? o sería mejor enlazar como "Pinturas de Goya" y evitar la palabra clave en un enlazado?

Donde quieres poner el enlace?
No se puede decir en general.

Lo suyo es que enlaces con la palabra clave, si no no serviría de nada.

Lo que está mal visto por Google a veces, es el exceso de enlazado con la misma palabra clave, por lo que sería recomendable en esos casos usar variaciones de palabras claves, un ejemplo:

Si la palabra clave es: Zapatos deportivos

Si haces un par de enlaces, puedes hacerlo directamente a la palabra clave, pero para mejorar el SEO deberás usar también enlazados del estilo de:

-Zapatos deportivos para mujer
-Zapatos deportivos baratos
-Zapatos deportivos para hombre
-Zapatos deportivos comodos
etc etc

Todo dependerá de la cantidad de enlaces que tengas pensado hacer.

A ver. No sé si me he explicado bien.

Sería en la entrada de zapatos deportivos, enlazar zapatos deportivos para mujer

La duda surge porque SEO yoast dice que de esta forma no indexaría la palabra clave, ya que enlazaría con la palabra clave.

Yo no me volvería loco con el Yoast, está muy bien para unas cosas pero para otras te hace dar muchas vueltas.
Esos enlaces qué son? seo on page? van enlazados a otros blogs de la misma temática? a la tienda online?
A partir de ahí se puede hacer de una forma o de otra.
Saludos

Son enlaces internos. pero claro, al enlazar una palabra clave más larga, coincide la más corta dentro y por eso salta el error

"los mejores zapatos negros" siendo los mejores zapatos la palabra clave, "los mejores zapatos negros" el enlace hacia otra entrada de la web, en esa misma entrada.

Y lo curioso es que esa entrada no parece en el buscador con su palabra clave, pero sí con expresiones que hay escritas en ella.

Concuerdo! Pone más de la keyword objetivo pero también usa variedad. Así parecerá más natural