Estou cometendo um erro?

Hola!!
Hace poco estuve preguntando sobre BBDD y claves foráneas. Resulta que al final me resultó mas fácil realizar todo ellas y el sitio funciona excelente.
Peeeero hay quienes me dicen que de esta manera mi proyecto no funcionará.

¿Tan grave es el error que cometí?.

complicado opinar, si no se tiene más información.