URL canônicas e páginas não indexadas: soluções SEO

Tengo un gran numero de paginas web no indexadas según me informa wbmaster tools por problemas con urls canonicas...
viene a raíz de que en algún momento no me percate y se indexaron urls con mayúscula y minúscula
por ejemplo diariodehoy.html y Diariodehoy.html

ahora bien de cara al seo creen que sea conveniente:
1- dejar como esta todo.
2- declarar las url canónicas indicando que todo lo mayúscula va a minúscula
3- hacer una re dirección 301 desde las mayúsculas a las minúsculas

saludos y buen martes para todos

No me gusta usar canónicas si no es necesario, me iría por la opción 3. La opción 1 sin duda, es lo peor que puedes hacer, más ahora que Google está tan "quisquilloso".