¡Lo mismo me pasa! XD Se ve que como cloudflare es un CDN, la IP a la que el FTP se conecta mediante el dominio es la de cloudflare. Y obviamente cloudflare no tiene FTP.
Desde cloudflare dicen que no debería haber problema, y en los foros dicen que debes desactivar el CDN para el ftp.
PERO... A mi ni desactivando para el FTP el cdn me funciona. La única manera que encontré fue loguearme desde el dominio de preview (los hostings normalmente te dan un dominio de prueba mientras los DNS se propagan, y ese dominio de prueba cuando usas cloudflare no se ve afectado). Aunque yo directamente bajé monsta ftp (
Free web-based FTP/SFTP/SCP file manager - Monsta FTP) y lo instalé en un subdominio. Cuando me logueo usando el dominio de preview, me conecto sin problemas. Porque a veces Filezilla ni el dominio de preview me toma :c
Lo que podrías hacer es tratar de sacar el CDN en el ftp y ver que tal. Si no, deberás optar por conectarte mediante IP, directo al servidor sin pasar por el CDN de cloudflare.