Agregar registros a una base de datos

Buenas noches Mi nombre es Ariel y estoy desarrollando una aplicación en php la cual debe recorrer un archivo que tiene aproximadamente 12000 líneas tratar cada una de esas líneas De dónde salen valores de variables las cuales luego debo insertar en una base datos my sql. El tema es que en el bucle en donde recorro el archivo para tratar cada línea es donde realizó la consulta sql para agregar el registro a la base de datos al ser tantos registros la incorporación de los mismos se hace muy lenta y debo hacer 3 veces este proceso con diferentes archivos. Alguna recomendación de Cómo realizar esto optimizando tiempos y no sobre cargando el servidor les agradecería cualquier tipo de información Gracias

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Por lo que cuentas veo dos opciones:
1. Puedes convertir esos archivos en un archivo .csv y subirlo directamente con un gestor de bases de datos como phpmyadmin.
2. Realizar varias inserciones de registros en una sola consulta a la base de datos.

depende exclusivamente de si será una tarea diaria o solo 1 vez, si es una sola vez entonces es mas que valedera la opcion que te dijo [MENTION=195462]Marte90[/MENTION].
bigdump.php tambien podes ver.