Podrías intentar con Audacity y su función de "Truncar Silencio". Esta opción puede detectar y eliminar el silencio que rodea a los sonidos cortos. En cuanto a ffmpeg y sox, puedes escribir scripts que detecten sonidos de duración corta basándote en la duración total del archivo de audio. Sin embargo, esto requerirá un nivel de conocimiento en programación más avanzado. Espero esto te ayude.